九江市生态环境保护综合执法局整合原环境保护部门污染防治、生态保护、核与辐射安全等方面执法职责，原国土部门地下水污染防治执法职责和对因开发土地、矿藏造成生态破坏的执法职责，原农业部门农业面源污染防治执法职责，水利部门流域水生态环境保护执法职责，林业部门对自然保护地内进行非法开矿、修路、筑坝、建设等造成生态破坏执法职责；

九江市生态环境局派驻各县（市、区）生态环境保护综合执法大队对应整合县（市、区）相关部门职责，统一以市生态环境局名义行使辖区内的生态环境保护执法职责。主要职责是：（一）依法开展辖区内污染防治、生态保护、核与辐射安全等方面的日常监督检查，负责各辖区内生态环境综合执法工作，依法查处生态环境违法行为。（二）依法承担辖区内建设项目生态环境保护事中、事后监督管理工作。（三）落实上级布置的各项环保专项行动和“双随机一公开”组织实施工作；开展辖区内生态环境隐患排查和督促整改；配合开展联合检查和交叉检查。（四）负责调查处理辖区内生态环境污染事故、生态破坏事件及生态环境污染纠纷问题。（五）负责环境监管信息化工作，建立完善重点污染源自动监测数据管理。（六）负责“12369”环保热线和微信网络平台管理及其信访、投诉、举报件的处理工作。（七）负责辖区内生态环境应急管理工作；（八）完成上级交办的其他任务。